Τα Χανιά συνεχίζουν να είναι η πρωτεύουσα της Κρήτης και έδρα της Γενικής Διοικήσεως και τις επόμενες δεκαετίες. Υφίστανται όμως σταδιακά πολλές επεμβάσεις για τον "εκσυχρονισμό" της παλιάς πόλης, με αποτέλεσμα να αλλοιώνεται σιγά σιγά ο μνημειακός της χαρακτήρας.

Πάντα πρώτοι οι Χανιώτες τρέχουν σ' όλους τους εθνικούς αγώνες της μάνας Ελλάδας. Στα Χανιά γίνεται και το αντιδικτατορικό Κίνημα του 1938 εναντίον του Μεταξά, αφού οι κάτοικοι αυτής της πόλης έχουν πάντοτε όραμά τους τη Δημοκρατία και την Ελευθερία.

Πρωταρχικό ρόλο παίζουν και πάλι τα Χανιά και στη θρυλική Μάχη της Κρήτης. Από εδώ ξεκίνησε η επιδρομή των Στούκας, η πόλη βομβαρδίζεται συνεχώς, εδώ πέφτουν οι πρώτοι αλεξιπτωτιστές και εδώ πρωτοσυναντούν την απελπισμένη και ανυποχώρητη αντίδραση του Κρητικού λαού. Η αντίσταση κράτησε, όχι μόνο τις 10 μέρες της Μάχης, μα και αμέσως μετά τις πρώτες ημέρες της κατάληψης της Κρήτης, με τον σχηματισμό των πρώτων αντιστασιακών ομάδων στην περιοχή των Χανίων.

Το 1964 η παλιά πόλη των Χανίων χαρακτηρίζεται από την Πολιτεία ως ιστορικό διατηρητέο μνημείο και καταβάλλεται έντονη προσπάθεια για τη διατήρηση και ανάδειξη του ιστορικού χαρακτήρα της.